设施化栽培天麻过程中，在天麻栽培床、裸露的菌材上容易发生多种大型真菌，如：裂褶菌、彩绒革盖菌（云芝）、假蜜环菌、光柄菇、白栓孔菌、薄孔菌、烟色黑管菌、多孔菌、平菇、脆柄菇、鸟巢菌、田头菇、鬼伞、鬼笔等。
在木段上、厢面上形成大量的子实体，与蜜环菌争夺营养物质，使蜜环菌菌丝生长势减弱，天麻无法得到充分的营养供应，导致减产。
其中假蜜环菌的菌丝及菌索类似蜜环菌的菌索在菌材表面呈扇形分布，且不发荧光，这类杂菌能抑制蜜环菌的生长，使天麻得不到养分而死亡。正确区分杂菌与蜜环菌是防止杂菌感染的基础。
天麻防治真菌方法：以树枝、木材为传染源的杂菌很多，特别是干腐的段木，适宜许多大型真菌的孳生，如各种多孔菌。因此，选择培菌或栽培用的树枝、段木，要求树材新鲜，无杂菌，有朽烂的树枝、树干、已经有大量杂菌存在的旧木材、木屑、树叶不能使用。段木砍下来以后，截面要用1%~2％的石灰水清洗1~2次，杂菌发生严重的地区，要使用1%~2％的硫酸铜溶液清洗1次，防止大型真菌从菌材侵人，感染菌棒。在菌材上砍口时，要间断性地对工具机械消毒处理，砍好口以后及时放在菌床上进行接种，不要砍口后久放不接种。
及时清除杂菌：在培养蜜环菌、天麻块茎的过程中，如发现有杂菌生长，属局部小范围的，可将杂菌子实体拔掉，用石灰水、硫酸铜溶液处理段木生长杂菌的部位，抑制段木内部杂菌菌丝的生长。在菌床上露出土面的菌材，一定要及时用沙土进行覆盖，不能长时间暴露在空气中培养杂菌。对不能拔除的少数被杂菌污染的菌材，可挖出、销毁，更换新的菌材。
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