天麻栽培是一个开放式的系统，在蜜环菌培养及天麻与蜜环菌共生栽培的过程中，易受到土壤、木段原料中的各种腐生性霉菌感染，造成天麻栽培失败。这些竞争性霉菌主要是各种土生性丝状真菌。
栽培床表面的覆盖物、沙土上容易滋生多种霉菌，如：木霉;青霉;根霉;毛霉;曲霉;枝顶孢。
这些霉菌在栽培床表面发生后，会深入到栽培床内部，危害菌材和天麻块茎，导致感染和绝收。
霉菌危害天麻症状：霉菌容易在栽培床表面的覆盖物、沙土上生长，进入栽培床内部后在菌材或天麻表面呈片状或点状分布，部分发黏并有霉味，影响蜜环菌及天麻的正常生长，易造成天麻腐烂，严重影响产量。这些霉菌对天麻危害很大，如不及时防治，会造成严重损失甚至绝收。防治杂菌侵染，必须贯穿于整个天麻生产过程，每个环节都不能放松。
天麻防治霉菌方法：防治杂菌感染的关键是充分满足蜜环菌所要求的环境条件，促使蜜环菌旺盛生长，使其在生态中占据优势种的地位，从而抑制杂菌的生长。具体防治措施如下。
1、栽培床表面消毒，播种操作完成以后，最好在栽培床表面撒上石灰粉，适当通风以后再覆盖薄膜。以后定期通风，保持沙土表面处于比较干燥的状态，控制栽培床表面霉菌感染。
2、遮盖物的选择和消毒处理，尽量不要使用树叶、树枝、木屑等容易感染霉菌的材料覆盖栽培床表面。用旧的遮阳网、薄膜覆盖栽培床的，遮阳网、薄膜事先要用消毒剂消毒，可用0.1％的二氯异氰尿酸钠溶液喷洒2~3次，晾干以后再覆盖。
3、培养场地及周围环境的选择，杂菌传播途径很多，以土壤传播较普遍，特别是多年耕作的土壤，一般都带有杂菌。有的小环境杂菌发生较严重，有的却很轻。在选择培养场地时，一定要选择环境中不带杂菌或少带杂菌的生荒土地。在设施化栽培场地，平整地面后，应该在荒地开挖沙土，用于地面的平整和天麻的栽培，尽量避免使用熟土覆盖菌材厢面。
4、严格菌种的使用，如菌种被污染并混有杂菌，杂菌繁殖扩大的速度就会加快，造成大面积污染。因此，严禁将带有杂菌的一、二、三级菌种用于生产。特别是使用已经长了菌索的菌棒进行栽培时，要特别注意挑选菌棒。有些蜜环菌生产者生产的菌种中有大量可以流动的液体，在运输过程中容易溢出菌种瓶，当菌种瓶重新摆正后，外面的液体会倒灌入瓶内，把菌种瓶外面的杂菌带入，接种后在菌床上就容易滋生杂菌，建议天麻栽培者不要使用有大量液体的蜜环菌菌种。
5、培菌床不宜过大过深，菌床大小必须合适，菌床上菌材的根数不宜过多，以避免造成损失。特别在地下积水、透气不良的条件下，十分有利于厌气性杂菌的生长，应注意避免。
6、创造满足蜜环菌生长所需条件，抑制其他杂菌生长。加大蜜环菌菌种的用量，使蜜环菌在菌床上迅速生长，在很短时间内能旺盛生长并占据优势地位。这样，其他杂菌就会因得不到足够的营养而无法生存。
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