一、营养条件
天然原料中阔叶树木屑、阔叶树树叶、玉米芯、松针、秸秆粉、杂草粉、腐殖土等都适合萌发菌菌丝体的生长。
以葡萄糖、蔗糖、淀粉、木质素、纤维素等为碳源培养萌发菌的菌丝，菌丝体都能够生长，对蔗糖和麦芽糖的利用效果较差。
氮源中的麦麸、花生饼粉、黄豆粉、玉米粉、米糠都适合萌发菌菌丝体的生长，其中麸皮、玉米粉最佳。
培养基中，以基础培养基（麸皮50g、花生饼粉10g、葡萄糖20g、维生素B110mg、磷酸二氢钾1.5g、硫酸镁0.5g、胡萝卜素1g、琼脂20g、蒸馏水1000mL）上菌丝生长最好。
二、环境条件
1、温度：萌发菌菌丝体在10~30℃的范围内均能正常生长，但最适生长温度为25~28℃，在25℃生长最快、最健壮。低于20℃或者高于28℃，菌丝生长明显减慢；培养温度持续高于35℃，菌丝会逐步失去活力而死亡。
天麻种子与萌发菌菌丝体混合以后，最适合天麻种子萌发、形成原球茎的温度范围是10~30℃，发芽率最高的温度是22~26℃。萌发菌本身生长的温度与天麻种子共生萌发的最适温度不相吻合，这可能与天麻种子本身的生物学特性有关，因此，天麻有性繁殖时，不仅要考虑萌发菌生长所需要的条件，同时也要满足天麻种子萌发所需的湿度和温度，方能提高天麻种子萌发率及天麻产量。
2、水分：萌发菌固体培养料的含水量（绝对含水量）以60%~70%为宜，63%~65％为最适合的含水量。培养料中水分含量低于60%，超过70%，菌丝生长速度都会十分缓慢，甚至停止生长。
3、pH：萌发菌培养基的 pH 范围为4~9，以 pH 5.0~5.5为宜。酸性条件不适宜萌发菌的生长。
4、空气：萌发菌均为好气性真菌。在人工培养时，应该注意培养容器及培养基的通气透气问题，培养的容器要使用比较好的通气盖，培养室内要注意通风透气。通气不好，将使萌发菌生长缓慢。
三、生态条件
小菇属的菌物大多数情况下可以生长在树林中的落叶层、腐殖质层、苔藓层上，以及朽烂的树桩、树干、枯枝上，属于腐生类型。在野生铁皮石斛、野生兰科植物中可以分离得到多种内生菌，包括小菇属的物种，从中可以筛选出能够促进天麻种子形成原球茎的萌发菌，这些菌物物种是这些植物的内生菌。小菇属菌物的菌丝可以帮助这些无根系或根系不发达的植物从周围土壤、腐殖层、树叶、树枝、树干等环境中获取水分、矿物质、有机营养物质等，植物体表外面分布的菌丝成为了它们的根系，通过这些菌丝把水分、各种营养物质源源不断地运送到植物体内供给这些植物的正常生长、发育。
天麻种子萌发菌的生长条件是：适当的土壤、腐殖层、树叶、树枝、树干等，适宜的温度、水分、通气等。当萌发菌菌丝在这些基质中大量生长以后，接触到从天麻茎秆上掉落的天麻种子后，就要把天麻种子也作营养来源。但是天麻种子内的细胞受到萌发菌的菌丝刺激以后，会分泌出溶菌物质，将菌丝分解掉，天麻种子开始吸收萌发菌菌丝的营养物质，萌发菌菌丝又从基质中吸收营养物质，建立起这种物理接触、生物接触关系后，成为了原球茎中的内生菌，外面分布的菌丝成为了原球茎的根系，天麻种子有了营养来源，就可以萌发成为天麻原球茎。也就是说，原球茎中的内生菌就可以使天麻种子萌发形成原球茎。
因此，分离天麻种子萌发菌的原始材料最好是野生的原球茎，在野外发现开花的天麻以后，可以原地授粉，种子散落在原位的落叶层、土壤、腐殖层，一段时间后，自然存在的萌发菌就会与天麻种子结合，使天麻种子萌发，长出原球茎。然后可以在落叶层、腐殖质层中去寻找天麻的原球茎，带入室内进行分离、培养和鉴定。
紫其小菇，以及近年来发现的石斛小菇、兰小菇等，是我国天麻科研工作者从自然条件下天麻种子萌发形成的原球茎中分离、筛选出的优良伴生菌株，有效地解决了天麻有性繁殖中种子自然萌发率低的难题。
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