水稻的某些病害是通过种子传染的，例如稻瘟病、恶苗病、白叶枯病、胡麻斑病等是通过种子传染的，通过种子消毒可以有效地防治这些病害。种子消毒的方法有：
(1）福尔马林浸种：用福尔马林（40％甲醛）0.5千克加水25千克，配成50倍稀释液。早稻种子先用清水预浸1~2天，再用50倍福尔马林稀释液浸或闷种3小时，浸后用清水洗净，以免影响发芽。
(2）强氯精1:600溶液浸种消毒10小时，然后冲洗干净。
(3）抗菌剂"401"浸种：早稻用10%"401"加水配成1:500的稀释液，浸种2天，具有杀菌和促进发芽的作用。"401"对人畜有毒，使用时要注意安全。
(4)1％石灰水浸种：石灰水浸种之所以能杀菌是因为石灰水与二氧化碳接触而在水面形成碳酸钙（CaCO3）结晶薄膜，隔绝空气，使吸水萌发的病菌窒息而死亡。用石灰水消毒，石灰水层要高出谷种10~12厘米，且不搅拌，以免破坏薄膜层。浸种时间早稻一般浸2~3天，晚稻浸1天即可，浸后用清水洗净。
(5）三环唑浸种：用20％的三环唑可湿性粉剂400克加水50千克配成0.16％的药液浸种48小时（早稻），或用75%三环唑可湿性粉剂配成500倍稀释液浸种48小时后再催芽，对防治稻瘟病效果明显。
(6）温汤浸种：利用温水热力杀死病菌，对水稻稻瘟病、白叶枯病、胡麻斑病都有较好的效果。温汤浸种的方法是先将种子在冷水浸24小时，然后放在54~55℃温水中浸10分钟。此法除能杀死病菌外，还可促进种子萌发。此外，硫酸铜溶液浸种也有效果，特别是晚稻种子，用0.1％的硫酸铜溶液浸种对防止恶苗病有效。
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