一是农药超量。番茄设施生产面积很大，连作普遍，病虫害情况较严重。由于这些原因，番茄生产病虫害比较难以控制，所以菜农定期喷农药防治。由于频繁使用农药，使病菌和害虫对一些常用的农药产生了抗药性。于是菜农就擅自提高浓度，增加喷药次数。而且一旦发现病虫，无论轻重，每5～7天就喷一次药，直至采收。番茄的生产周期长，苗期一般2～3个月，定植到拉秧需要4～7个月，采收前没有注意农药安全间隔期，造成番茄果实农药严重超量。二是滥用激素。生产上用量最大的激素就是促进坐果的番茄灵、2,4—D，尤其在春茬、冬春茬栽培中普遍使用。乙烯利也普遍使用，用来促进果实催熟。在低温期栽培的番茄，果实转色缓慢，为了加快成熟，达到外观商品成熟度，经常用严重超标浓度的催熟激素进行处理。三是施肥不合理。番茄生产期长，产量高，需肥量大，所以要求基肥用量高，一般每亩需施用有机肥10000～15000公斤作为基肥。番茄对磷钾肥需求量高，尤其是对磷肥需量最大，强调配方施肥。而生产中有机肥施用量不够，尿素追肥过量。氮肥过量施用造成了肥料利用率低、硝酸盐含量超标、病虫害容易发生。