北方气候较干燥，南方气候较潮湿，贮藏时要注意湿度变化。一般北方可采用井窖贮藏。在挖井窖时，选择地势高、地下水位低、背风向阳的地方。井窖由一个井筒和若干个贮藏洞组成，深度以1.4～2米为宜，井窖口直径不超过1米，然后逐步扩宽至底部直径1.5米左右，在底部四周挖３～４个洞眼，高度和宽度各８０厘米左右，延伸深度以贮种姜多少而定。挖好后,用砖砌建井口，并使井口高出地面５０厘米，以防止雨水流入。西北地区的窖洞可贮种姜，南方宜在山边高处挖井窖。种姜入窖前，要用多菌灵、百菌清等杀菌剂或杀虫剂，对井窖进行杀菌、杀虫处理，然后在井窖底部垫上５～６厘米厚的湿沙。种姜入窖时，自下而上堆放，要排列整齐，并且在贮姜洞中间留出３０～４０厘米的空位。入窖后，如外部气温在１５℃以上，不必急于封口，用稻草或草席稍遮井窖口即可；外部气温降至１０℃以下，必须加厚覆盖物，但也需留有３０厘米见方的小洞口；当外部温度降至５℃时，用木板将井口盖住，用土掩埋，在气温１５～２０℃下越冬。