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臭氧灭菌的原理是：利用臭氧的强氧化作用，使生物细胞发生化学反应，起到溶菌作用，使微生物被杀死。
但要达到一定效果必须要在空气中有足够浓度的臭氧量；臭氧在空气中存在足够时间，这样才能保证有足够的臭氧与空气中有害微生物的接触，所以单用臭氧发生器灭菌的效果是有限的，特别在相对湿度较低时，臭氧杀菌效果不理想，在90%以上时效果较好。所以必须用其它化学、物理方法结合使用才能达到最好的灭菌效果。
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