温室秋冬茬辣椒结果期短，并且结果期里的温度、光照也比较差，加上所用品种自身的生长势偏弱等原因，在肥水管理上应多促少控，促多结果、结大果。在具体施肥管理上，应早施肥，施好肥，结果后期则少施肥。
温室秋冬茬辣椒结果期里的温度低，浇水量少，并且覆盖地膜后，也不便于开沟或挖穴进行施肥，因此多采取随水冲施肥法追肥。具体做法是：坐果后，结合浇水追第一次肥，对椒膨大盛期追第二次肥，以后每10~15 天追一次肥。结果后期，减少地面追肥，增加叶面肥用量肥，降低生产成本。
在追肥的种类选择上，要用易溶入水中的化肥冲施肥，如用硝酸钾、磷酸二氢钾、尿素等，有条件的地方应增加有机肥沤制液的施肥量或生物肥的施肥量，不偏施化肥。每次参考冲施肥量为：
硝酸钾：亩25千克
尿素：亩15千克+磷酸二氢钾亩15千克
优质饼肥：亩100千克的沤制液
上述肥料应交替使用，不要长期使用同一种肥料。
为避免或减少肥料中的有害气体挥发，应在地膜下冲施肥。
另外，浇水量要适宜，不要大水漫灌，以避免或减少肥料中的养分大量随水流失。但也不可浇水过少，防止肥液浓度过高发生肥害，以及长时间高浓度施肥后，引起地表盐渍化。有条件的地方最好采用滴灌法和微喷灌法追肥，将肥料直接送到植株附近，提高肥效。
另外，根据冬季温室内温度低，地面施肥后吸收慢的不足，结果期间还要定期进行叶面追肥。选晴暖天上午喷肥，叶面交替喷洒磷酸二氢钾、饼肥沤制液、食用糖、蔗糖以及叶面宝、叶面素、丰收宝、丰产素、钙硼锌叶面肥等叶面专用肥料。叶面喷肥后，要及早通风换气，排除温室内过多的水分，保持温室内干燥。
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