适合辣椒的整枝方法比较少，保护地栽培中常见的主要有三干整枝、四干整枝、不规则整枝等几种。
1、三千整枝法：对门椒下的侧枝全部抹掉。四门斗椒坐果后，将粗壮一级分枝上的两个二级分枝和细弱一级分枝上长出的侧枝，按留强去弱原则，保留强分枝结果，构成三条结果枝干。
该整枝法适用于较大果型品种的高产优质栽培。
该法的主要优点是：植株的营养供应比较集中，有利于果实发育，商品果率高；单株的株型小，适合密植，有利于提高早期产量。其主要缺点是整枝比较麻烦，用苗量大等。
2、四千整枝法：也叫“双杈整枝法”。该法是以四条二级分枝为骨干枝，各枝干上再长出的侧枝，选留其中的一条粗壮枝开花结果，其余的打掉。该整枝法适用于大多数甜椒类和牛角椒类品种高产优质栽培。
该法的主要优点是：植株根系发达，生长期长，有利于高产；植株营养集中供应，有利于果实发育，商品果率高；单株的株型大小适中，兼顾了早期产量和总产量。其主要缺点是：单株留枝较多，株内通风透光较差；种植密度小，早期产量偏低。
3、多干整枝法：该整枝法通常在四干整枝法的基础上，保留5~6条健壮的三级侧枝作为结果枝干，对三条一级分枝较多的品种或地块上，也可以直接保留5~6条二级分枝作为结果枝干。该整枝法适用于多数羊角椒类品种和牛角椒类品种。
该法的主要优点是：植株保留茎叶较多，根系发达，结果期长，有利于高产；植株营养集中供应，有利于果实发育，商品果率高；单株的株型大小适中，兼顾了早期产量和总产量。其主要缺点是：单株留枝较多，株内通风透光较差；种植密度小，早期产量偏低。
4、不规则整枝法该法：先将主茎上一级分枝下的侧枝打掉，结果中后期，根据田间的封垄情况以及植株的结果情况，对过于密集处的侧枝进行适当疏枝。该整枝法适用于羊角椒类品种，其他类型品种的早熟栽培以及露地粗放栽培也大多采用此整枝法。
该法的主要优点是；管理比较省事；植株根系发达，生长期长，有利于高产；种植密度小，用苗少，省种。其主要缺点是：辣椒植株留枝较多，营养供应分散，结果能力差，上部果实发育不良，商品果率低；植株通风透光不良，易于发病；种植密度小，早期产量低。
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