在辣椒育苗整个过程中，会出现失误，引起辣椒苗形态上发生不正常变化，可以通过观察其形态变化，分析出现的原因，找出正确的管理方法。以下几点供参考：
1、子叶诊断法：辣椒从子叶展开开始，其叶片数不断增多和叶面积不断增大，表现出生长发育显著加快的状态。此期若夜温适宜，光照充足，子叶就会表现为宽大，下胚轴长3厘米左右，此为健壮苗。若夜温高，再加上光照不足，子叶就会变得小而细长，如果情况继续恶化，下胚轴将伸长，子叶很可能黄化脱落。
2、分杈诊断法：辣椒是在小苗第二片真叶完全展开，第三片真叶开始展开时开始花芽分化，同时也开始分枝。
辣椒通常是二杈分枝，但也会出现三杈分枝。当育苗场所的夜温低，营养充足，植株生长健壮时，往往会出现三杈分枝。在三杈分枝中，有的是完全的三杈分枝，有的则是不完全的三杈分枝。所谓的不完全三杈分枝是其中有1个分枝是由2个枝结合而成的，所以虽然外表看起来是二杈分枝，但它也同三杈分枝一样，在五杈股的地方结出两个辣椒。
夜温高，日照不足，营养不良时，就不容易见到三杈分枝。
三权分枝对提高前期产量有积极作用，但对采用二权整枝长期栽培的会因此而稍增加一点工作量。
3、真叶诊断法：如温度高叶柄长，温度低则叶柄短而且叶片下垂。
水分不足，叶柄弯曲，叶片下垂：如果土壤水分过多时叶柄撑开，整个叶片下垂。当氮、磷、钾肥效果良好时，叶片小端呈三角形。钾肥效力充足时，叶片面性呈宽幅的带圆形状，植株生长不良时，叶片从下部开始黄化。
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