菌根指的是真菌与植物根系的共生体。杨梅、柑橘、荔枝、龙眼、忙果、番木瓜、栗、榛、苹果、梨、李、核桃、甜樱桃、酸樱桃、葡萄、柿、长山核桃、草莓、榅桲以及小浆果类等果树都有菌根。在解剖学上，菌根因着生方式分为内生菌根、外生菌根和内外菌根三类。
外生菌根在栗、核桃、李、苹果上普遍存在，菌丝可深入根的组织，但一般分布在细胞间隙，并在根表面交织成套状体，取代根毛作用，增大根表吸收面积；具外生菌根的植物根多短而肥大；菌根菌可以孢子、菌核和根状菌索形式存在，菌索接近土壤形成含有孢子的孢子果，孢子可通过风、水流及动物传播，多数可在无寄主条件下利用培养基培养。内生菌根，在甜樱桃、核桃以及许多常绿果树上存在，内生菌根无菌丝束，菌丝穿过根表皮或根毛进入皮层细胞内部，进入根内的菌丝常形成一些特殊结构，呈泡囊状或分枝灌木状；杨梅的菌根则成瘤状突起；结构解体后其中有用的矿物质营养释放给寄主。内外菌根，兼有外生和内生特点的类型。
菌根有放线菌和其他真菌，已发现30多种，增施有机质有利于菌根繁殖，微酸性土壤也有利于菌根发展。菌根菌带给果树的益处有：
①加速细胞内难以溶解的贮藏物质分解，成为利于根、叶吸收的单糖；
②形成维生素B1等及生长调节物质，促进细胞分裂和根的旺盛生长；
③提高对锌、锰、钙等微量元素的吸收；
④菌根可以减少植物的水分运输阻力，一般有菌根的植株比无菌根的植株对水运输阻力减少40%。有些菌根对低水势有相当强的耐性，即使在土壤接近凋萎系数时，也能吸收水分及无机元素，故使植物抗旱、耐瘠；
⑤菌根区能影响微生物区系，减少病原菌的存在，共生的皮层细胞可产生化学抑制剂，能抑制病害侵染，还可分泌抗生素，增强植株抗性。果树则供给共生的真菌以碳水化合物等物质，助长其发育和子实体的形成。
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