黄连种植对水分也有很多的要求，因为黄连的叶片大而且多，叶子的面积也比较大，蒸腾量大，在消耗大部分水分之后还需要有较多的水分补充，这样才有利于生根发叶。
黄连虽然有很多的须根系，但根的分布比较浅，如果表面土壤出现干旱的情况，黄连的根系就不能吸收更多的水分，也就直接影响黄连的生长和发育，尤其是在黄连幼苗时期和移栽之后的黄连幼苗，它们都需要很多的水分来促进其生长，移栽之后的黄连幼苗对水分的要求更大，因为干旱会降低移栽黄连幼苗的成活率。
湿润、大气湿度较高的地区水分比较大，黄连的生长状况比较好，产量也高。黄连的主产区年降雨量平均约在1300~1700毫米之间，相对湿度在70~90%以内，土壤含水量经常保持在30%以上时，黄连生长较好。但是，也不能选择降水量极高、土壤含水分极大的地区作为黄连的产区。因为降水过多，土壤的积水较多，排水不好，那样栽培的黄连会因为土壤的通气不良，导致根系发育不正常，也会引起黄连的死亡，从而减产。
所以针对黄连的栽培地选择要有一个尺度，虽然要选择湿润的降水多的地区，但是要保证降水量不能太大的地区，选择地区降水要保持1300~1700毫米，相对湿度要在70~90%以内，这样才适合黄连的生长。
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