黄连适应在高山的冷凉气候条件下生长，对温度有着很高的要求。黄连不耐炎热，在霜雪下，叶片能保持常绿、不枯萎。黄连的产区一般情况下都选择雨雪多、空气相对湿度高的地方。
冬季黄连叶上常覆盖一层冰雪，这样对黄连可起到保护作用，所以就算在-2℃~-8℃的气温条件下，黄连也可以正常的越冬。
黄连植株正常生长的温度范围为8℃~34℃，如果低于8℃或高于34℃，黄连的生长速度非常缓慢；超过38℃，易受高温伤害。耕种帮提醒当气温低于5℃时，黄连的植株处于休眠状态。
每年的2月上旬至中旬，平均气温为0.23℃时，是花薹出土期，如果出现-10℃以下的低温，黄连的花薹就会萎蔫。到2月中旬至3月上旬时，温度达到2.2℃~7.5℃，是黄连的开花期，随着温度的升降，开花期可能提前或短缩。没有开花的黄连植株在5℃以上时，就开始发生新叶，温度到10℃的时候，新叶生长的速度加快，当温度达到25℃以上时，新叶生长速度缓慢。
移栽期的土壤温度与黄连生根的早晚也有着密切的关系。当5厘米地温约为14.1℃~21.2℃时，移栽后大约6天就能发根；地温为8℃~14.5℃时，移栽后大约12天发根；地温为5.5℃~14.7℃时，移栽后23天发根；而地温为1.8℃~10℃时，黄连的发根就更慢了，大约26天才能发根。可见，黄连发根的时期随地温的下降而延长。
在寒冷的冬季，温度随之降低，低温虽对已经成年的黄连影响不大，但对扎根不深的新栽黄连幼苗却有很大的影响。特别是秋末新栽的黄连，移栽之后气温逐渐降低，黄连的幼苗已经不能发出新根，或者新根数量很少，所以扎根不深。冬季的冷冻会使黄连秧苗掀耸出土而导致死亡。
黄连生长期的日平均温度大约为5℃~22℃；营养生长期(4~6月及9~10月)的日平均温度大约为10℃~17℃。黄连生长期比较长，播种后6~7年才能形成商品，栽后3~4年根茎生长较快；第5年生长减慢，6~7年生长衰退，根茎容易腐烂。所以，保证黄连生长的温度和时间才能有利于幼苗的快速生长，发叶，从而才能提高黄连的产量。
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