在灵芝子实体培养过程中，由于培养条件不合适，往往不能发育正常形态的菌柄和菌伞，而是长成各种奇特的形状，也就是所谓的畸形。
在灵芝子实体培养过程中，由于培养条件不合适，往往不能发育正常形态的菌柄和菌伞，而是长成各种奇特的形状，也就是所谓的畸形。
主要有以下几种情况：
1、鹿角状畸形：
在菌柄生长时出现很多分枝，越往上长分枝越多，而且渐渐变细，在菌柄的顶端不发育菌伞。出现这种畸形的原因主要是培养室通气不良，二氧化碳含量过高，温度、湿度、光照等较为合适。预防这种畸形的办法是提高培养的温、湿度，同时适当地通风透气。
2、菌柄细长而弯曲：
菌柄分化，但菌柄不产生分枝，成一细长条，向有光的一侧弯曲。产生畸形的原因主要是培养室光照不足；培养室中光照过弱；改进的办法是在培养室向阳的一面增加光照。
另外，当温度、湿度变化不定，通风和光照又不适宜时会出现脑状畸形；温湿度是子实体得以生长发育的重要条件，如果温湿度得不到满足，子实体根本不生长或生长发育迟缓；通风和光照则是子实体正常生长发育的重要因素；当通风和光照不合适时，灵芝发育成不正常的畸形。
灵芝菌丝中含有85％～90％的水分；水分是菌丝体的重要组分，也是灵芝生长中运送营养物质和细胞代谢物的载体；灵芝整个生长过程中都离不开水。
灵芝对基质（培养料）含水量的要求：
在基质含水量为30％～80％的范围内菌丝可以生长，最适宜的含水量为60％～70％。如基质中含水量低于30％，菌丝则处于休眠状态，停止生长或分化；如含水量高于80％，由于基质中氧气含量过低，也会导致菌丝休眠或者腐烂。不同的培养料，其含水量也不同。颗粒较为均匀的棉籽壳，含水量在60％左右；颗粒较粗的玉米芯、甘蔗渣等，含水量为65％～70％；而用栎木栽培灵芝时，所截段木的含水量一般在40％左右。
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