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黄瓜根腐病分为镰刀菌根腐病和拟茎点霉根腐病，主要侵染根部。镰刀菌根腐病的发病初期，植株主根或须根变黄，地上部无明显症状，以后病部明显扩展，地上部的叶片在中午时下垂，早、晚恢复。几天后，根部呈黄褐色湿腐，地下部呈青枯状萎蔫、死亡。
拟茎点霉根腐病的症状基本同镰刀菌根腐病相似，只是有时可见灰白色带状菌丝体块，在根皮细胞可见密生的黑点，为病菌的分生孢子器，发病初期黄瓜的叶片失去活力，晴天中午叶片萎蔫，早晨、傍晚或阴天恢复正常，如此反复数日后下部叶片开始枯黄，逐渐向上扩展；造成整株枯死。
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