一、水分管理：
天麻及蜜环菌的生长繁殖，都需要有足够的土壤湿度。久旱、土壤湿度不够时应及时淋水，并盖草保湿。干旱会造成天麻新生幼芽大量死亡，尤其在天麻生长最旺的7-8月，损失更大。合适稳定的土壤湿度才能保证幼麻正常发育。
如窖内水分过多，造成土壤板结，透气性差，将导致蜜环菌缺氧而死亡和天麻块茎的腐烂，使其他微生物活动猖獗。在天麻产区，人们常言"宁旱勿涝"，说明水分过多对天麻生产的危害是非常严重的。
二、温度管理：
在夏季气温达30℃时，必须切实做好防暑降温工作。在我国南方，高温天气常与高湿相伴，天麻最易发生病虫害。在高温干燥天气中，既要防高温，又要勤浇水防干旱。南方地区在10-12月栽培天麻，可能会遇到降雪及寒潮等连续低温天气，如不及时防冻，下地后的种麻易遭冻害，可使局部组织坏死，甚至导致整个麻体腐烂。
北方地区4月春栽，也常有持续低温返潮，危害地下种麻。所以，天麻栽培后必须加盖薄膜或干草，保温防冻，注意温度变化，注意调节的措施，以免造成减产或失收。过低或过高的温度都会对天麻的生长发育不利。
三、通风管理：在设施内栽培，平均气温高于20℃后，可以将栽培床表面的薄膜、遮阳网揭开，放在走道内，使栽培床处于通风状态。晚上要打开大棚的两端门窗进行通风降温，白天可以卷起大棚四周的薄膜。平均气温低于20℃，可以2~3d揭开薄膜适当通气。冬天温度低，要掩盖薄膜，以保温为主。阴雨、绵雨季节，在无雨日要打开两端门窗，加强通风。
四、空气湿度管理：在设施内栽培，设施比较密闭，要结合通风管理，降低栽培床表面和设施内的空气湿度，减少病虫害的发生。阴雨、绵雨季节，在无雨日要打开两端门窗，加强通风，降低湿度。
五、杂草控制：设施化栽培的棚内光线很弱，加上遮阳网、黑色微膜的覆盖，一般不会大量发生杂草。大棚边缘的栽培床有少量杂草发生，在杂草幼嫩的阶段要及时拔掉。一般不需要使用
除草剂进行处理。
六、杂菌控制：设施内栽培天麻，湿度、温度高而稳定，天麻栽培床表面容易发生多种黏菌、霉菌和大型真菌的危害。要及时对其进行控制和杀灭，不能任其自由发生和蔓延。
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