商业化栽培天麻所用的种麻，最好是用箭麻开花、授粉、结果以后获得的种子在萌发菌菌丝体上萌发的原球茎，在蜜环菌菌床上培育得到的"0"代白麻和米麻。用"0"代白麻栽培1次收获箭麻后余下的大、中型白麻也可以做麻种，2代以后的白麻属于多代的无性繁殖体，已经有退化的可能性，不要再做麻种。这里所说的种麻选择，主要是指对白麻的选择。
选择种麻时应注意以下几点：
1、白麻个体如手指头大小，重量以10~30g为好，太大的白麻往往是一种退化的表现，并不是很好的种麻。米麻虽然是很好的繁殖种源，繁殖系数很高，但栽后第二年才能形成白麻或箭麻。
2、种麻以黄白色、新鲜、无失水现象为好。
3、无病虫害，特别要剔除有介壳虫害、有腐烂变黑、外形细长的种麻。因介壳虫不易被发现，一旦转入栽培畦中，会引发全畦甚至全场虫害。变黑色的白麻，内部有腐烂的细菌、霉菌侵染，容易在栽培过程中腐烂掉。细长的麻种，已经退化的风险很高。
4、种麻表面无蜜环菌菌索侵染的，因为被侵染过的天麻，有的是因生理退化而被侵染菌索，有的是上一年的种麻，因未完全被蜜环菌所寄生而消化掉。
5、种麻表皮完整，无擦伤、破口、烂皮。收获天麻种麻时，往往是用竹筐、竹提篮、塑料箱或塑料桶运回室内，经过挑选后又装运到场地栽培，这样倒来倒去，幼嫩的麻种很容易受伤，有时目测虽看不见伤斑，但栽种后碰伤之处便会出现黑斑进而开始腐烂。因此，必须轻拿轻放，严防机械损伤。
选择麻种还应注意，无性繁殖多代后，天麻会出现退化现象，栽种后接菌慢，接菌率降低，结果导致产量降低，这种天麻不能做种麻；野生种麻为无性、有性各代混合体，其间混杂有一定数量的有性一代、二代后代，所以采挖回来的野生种麻往往还可以继续做种使用2~3年，仍可获得高产。人工培养的有性繁殖"0"代白麻、米麻的生活力最强，产量比多代无性繁殖的种麻要高1~3倍。因此，有性繁殖"0"代的白麻，是无性繁殖栽培中生产商品天麻最理想的种麻。迫不得已的情况下才使用1代或2代麻种，拒绝使用3代麻种。
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