在野外采集蜜环菌时，很少能发现蜜环菌子实体，也很少能够通过子实体来识别蜜环菌，很多情况下只能通过菌索来发现蜜环菌，这时很容易将棒柴、苕条等植物的长须根与蜜环菌菌索相混淆；在购买蜜环菌时，也需要鉴别蜜环菌的真假。从外观形态上，可从以下几方面鉴别蜜环菌的真假。
1、从菌索的颜色上鉴别：蜜环菌菌索幼嫩时为白色，较为粗壮；中期变为棕红色，前端有白色的生长点，老化时变为黑褐色、棕黑色或黑色。而植物根须多为浅褐色，颜色比老化的蜜环菌菌索略浅。
2、从菌索粗细及分布情况进行鉴别：蜜环菌菌索分支较少，最长可达1m，一般长30~60cm，并且粗细变化不明显。植物根状物分支较多，并且由粗逐渐变细，越细分支越多。
3、从韧性和软硬度上鉴别：刚从土中挖出的植物根状物和蜜环菌菌索都有韧性，不易折断。但当把它们晾干后，根状物发硬变脆，易于折断；而蜜环菌仍然有很强的韧性，发软，不易被折断。
4、从结构上鉴别：蜜环菌菌索去掉外层鞘膜后，里面是白色的菌丝束，没有木质化结构；而植物根状物去皮后，里面虽然有时也呈白色，但不是丝状结构，而是木质化结构。
5、从荧光特性上鉴别：蜜环菌菌索或菌丝在空气相对湿度为40%~70%，温度为25~27℃的黑暗条件下，能够发出荧光；而其他杂菌或者小树根都不能自发荧光。
6、与假蜜环菌相区别：在自然界，有一种与蜜环菌经常混生的真菌，叫假蜜环菌（也叫亮菌）。假蜜环菌本身也是一种有较高药用价值的真菌，用其菌丝发酵物生产的亮菌片在临床医药中有广泛应用。蜜环菌与假蜜环菌二者的菌丝、菌索都十分相似，不好区分。但假蜜环菌不能与天麻共生，更不能为天麻提供营养，它在蜜环菌培育及天麻种植中，常与蜜环菌和天麻争夺营养。
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