对于现代农产品质量安全监管而言，农产品质量追溯系统是其中一项非常重要的技术手段，它让农产品来源的每个环节都可以实时追溯查证，提高了农产品质量安全的可控性，对于增进农产品质量安全，促进我国家农产品行业的健康、有序发展都起到了十分重要的作用，而农产品质量追溯系统作为现在信息化时代下食品安全高效监管新模式，越来越受到人们的认可，不仅广泛应用于农委、商务、卫生、质检、食药、工商等多政府部门发挥了分段监管食品安全职能，企业也开始积极农产品质量追溯系统来不断规范生产，提高农产品的安全和品质。
农产品质量追溯系统所涉及的是农产品供应链上的所有环节，因此它能够连接企业、消费者、监管部门等，很多时候人们认为农产品质量追溯系统是监管部门进行高效管理，约束不合法的生产行为，避免重大安全事故的有效手段，因此只对监管部门有帮助，最大的受益者是监管部门，但是实际上农产品质量追溯系统的最终目标是保障农产品质量安全，因此农产品质量追溯系统的应用还可以让企业和消费者受益，让行业和社会受益。
比如说，企业借助农产品质量追溯系统可以在发生安全事故之后及时采取产品召回措施，避免对社会的影响，为企业减小损失，挽回声誉，同时通过农产品质量追溯系统加强生产管理，可以进一步发现问题，知道自己的不足之处，提高产品质量，增加企业品牌价值，使企业赢得长期利益。而农产品质量追溯系统则可以为消费者提供很多便利，增加消费者在购买时的透明度，可以让消费者获得更加安全和可靠的农产品，确保消费者权益得到维护。
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