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棉花苗病的发生与气候、土壤等条件密切相关，低温、高湿有利于病害的发生，所以在棉花播种后，若遇低温多雨，或持续低温时间较长，土壤湿度大时，地里病菌数量积累过多，有益菌数量太少，导致苗病发生较重。
防治方法。1.雨过天晴后，要对棉苗采取扒土晾根的措施，降低棉苗根部湿度，提高地温，减轻病害发生；雨水太大的地区，建议天晴后采取揭膜降湿保苗等措施。
2．对初发病和发病严重的棉田要及时用药护树大将军+根施通喷淋根茎部。幼苗出齐后，如遇低温阴冷天气，喷施多菌灵500～800倍液+新高脂膜800倍液及时预防保护。
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