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平菇菌种应该根据栽培设施、栽培季节而确定使用什么品种，平菇品种根据颜色分有深色、浅色品种，根据温型分有中低温型和中高温型。
目前本地应用较多的品种有：黑平王、黑美、农平5号、农平2008，颜色较深，属于中低温出菇品种；平4、抗病3号、抗病2号等颜色偏灰白，属中温型品种。特白、小白平属于纯白品种，可以在较高温度条件下出菇。
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