肥料的种类主要有3种:化学肥料、有机肥料及生物肥料。在化学肥料中,氮、磷、钾三大元素中的氮肥,绿色食品( A 级)稻米生产中不许施用硝酸铵等硝态氮肥,防止稻米内含有硝酸盐及亚硝酸盐等有害物质。也防止因施用硝态氮肥污染水体,污染土壤;而 AA 级绿色稻米、有机稻米生产不许使用所有任何化肥产品。在有机肥中,主要是农家肥和绿肥2种,对农家肥和绿肥一定注意加强无害化处理,杜绝污染源,使农家肥和绿肥无化肥和化学农药污染和残留。包括还田的秸秆、稻草及其他杂肥均应达到无害化;生物肥是绿色食品稻米生产的重要肥源。不准含有激素类及其绿色食品生产禁用的一切易造成污染和残留的化学物质。