1.养分：由于原材料本身养分低或发酵生产工艺原因，有些企业的有机肥发酵出来，其养分并不合格，加上有些厂连化验室都没有，一批产品就这样进入了市场。
2.pH值：在发酵过程中，pH变化较大，如果发酵过程控制不好，有可能发酵出来会发现pH在8.5以上，或5.5以下。特别是过酸的产品会导致农作物生长受阻或死亡。
3.氯离子含量：有些厂家使用氯化铵这一类含氯
化肥加入到有机肥中，以提高总养分中的氮，这也是导致氯离子含量增高，影响农作物的生长。
4.含盐量：一般来说，生活污泥、厨余垃圾等原料的盐分较高，不耐盐的作物会出现黄叶、掉叶、萎蔫、死亡等现象。
5.阳离子交换量：没有腐熟的有机肥甚至是晒干就卖的粪便，其阳离子交换量极低，起不到应有的缓冲效果，相反，还会危害土壤本身的缓冲效果，造成作物生长障碍。
6.腐植酸：新鲜原料几乎不含有腐植酸，腐植酸是在有机肥发酵生产过程中不断产生的，以高温发酵（大于50℃）尤为明显。腐植酸可提高作物抗逆性，促产，促萌发。
7.小分子脂肪酸：一般来说，小分子脂肪酸存在于未腐熟的物料中，如新鲜鸡粪等。其所带来的危害是：小分子脂肪酸会抑制种子萌发，会抑制根系生长。
8.重金属：重金属会在植物中积累，最终通过食物链集中到人身上，对人造成伤害。同时重金属也会对农作物的生长造成损害。
9.有害微生物：很多厂家有机肥生产过程中，由于工艺水平原因，未能达到一定温度，大部分蛔虫卵、大肠菌群等未能大部分杀灭，这就影响了作物健康生长。
施用方法的原因
1.用作追肥：用户把有机肥当
化肥来追肥，没能及时盖土，
肥料只在土壤表面，不能与土壤充分进行接触，不能起到改良土壤的效果。加上日晒雨淋，有益的微生物不能起作用，养分也会随水流失，有机肥的缓冲能力、疏松土壤、持水透气、保温保肥等功能也都体现不出来。有机肥最佳方式应当配合无机肥作为
基肥使用，最好与土壤进行混合，但起码（有机肥）也要做到不裸露在土壤表面，如沟施穴施等。
2.有机肥与作物直接接触：有些用户担心肥效不够，或想尽快见效，在使用时把有机肥与作物直接接触，这样会导致烧苗严重会死树。
3.新鲜粪便：直接使用新鲜粪便中含有大量病菌和寄生虫，直接使用会危害果树。
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