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食用菌在分类上，是属于真菌中的生物。其中，食用菌绝大多数是属于真菌中的担子菌的微生物，极小部分是属于真菌中的子囊菌。据不完全的统计，属于担子菌的食用菌有43个科，属于子囊菌的食用菌有7个科。
在目前生产和销售的食用菌品种中，大多数是属于担子菌中的伞菌目，如平菇、香菇、金针菇、白灵菇、杏鲍菇、双孢蘑菇、草菇、鸡腿菇、姬松茸等；而黑木耳属于木耳科、银耳属于银耳科、猴头菌属于猴头菌科、栗蘑（灰树花）属于多孔菌科。
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