板栗南瓜设施栽培的病虫害防治首先要选择抗病性好、品质优良的品种，如台湾农友公司的一品和东升。
板栗南瓜的主要病害有：白粉病、病毒病、蔓枯病、疫病等。白粉病苗期至收获期均可发生，可用40%杜邦福星6000～8000倍液、20%粉锈宁乳油1000倍液或50%加瑞农600倍液等喷雾防治。病毒病由蚜虫、叶甲传毒，加强田间管理，及时防治蚜虫、叶甲是预防病毒病的重要方法。发病初期可用20%病毒A500倍液、病毒K1000倍液、病毒灵500倍液喷雾防治，隔7～10天用1次，连续防治3次。蔓枯病可危害叶片、茎蔓和果实，主要的病症是茎蔓病斑部位有琥珀色树脂状胶质物溢出，此病应通过轮作、选用抗病品种、采用配方施肥技术，施用充分腐熟有机肥来预防。发病初期可用40%杜邦福星8000倍液、36%甲基硫菌灵400倍液或47%加瑞农700倍液喷洒。疫病可危害茎、叶、果，染病初为水渍状，然后软腐，并在病部生出白色霉状物。发病初可用72%杜邦克露800倍液、58%甲霜灵锰锌500倍液、69%安克锰锌1000倍液喷洒。
板栗南瓜的主要虫害有：蚜虫、蓟马、茶黄螨、瓜螟等，蚜虫和蓟马可选用10%吡虫啉2000倍液、1%杀虫素3000倍液或20%康福多4000倍液防治。茶黄螨可选用73%克螨特2000倍液、5%卡死克1000倍液，或1%杀虫素3000倍液防治。瓜螟可选用5%抑太保1000倍液、或48%乐斯本800倍液，或5%卡死克1000倍液进行防治。 
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