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苜蓿会产生一些物质，能使新生苜蓿根尖发生肿胀并能减少根毛的数量，造成幼苗直根损伤，使其无法正常发育，这一现象称为自体中毒。自体中毒还会限制新幼苗吸收水分与营养的能力，使植物易于受到其他应激因素的影响。自体中毒化合物的影响会随着植株年龄、密度及其在土壤中残余量的增加而提高。
由于苜蓿具有自毒效应，再次播种需要考虑以下几点：
1、春播苜蓿的补播可在夏末前进行。
2、建植一年以上缺苗地块在翻耕、灭生后半年补种，二年或以上缺苗地块则翻耕、灭生后一年补种。
3、种植超过2年的地块，若不翻耕补种，补种的幼苗会因无力与老植株竞争阳光和水分而逐渐死亡。
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