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茄子菌核病的预防，主要提倡施用腐熟有机肥或生物有机复合肥；塑料棚内栽培茄子覆地膜可阻止子囊盘出土，减少菌源。
药剂处理土壤，用杀菌药对干土适量充分混匀撒于畦面，然后耙入土中，可减少初侵染源。注意通风以降低棚内湿度，寒流侵袭时要注意加温防寒以防植株受冻，诱发染病。发现病株及时拔除，带到棚外销毁。田间始见子囊盘或发现中心病株后，喷洒护树大将军+针对性药剂防治，隔10~15天1次，连续防治3~4次。
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