草铵膦对玉米根部没有伤害。草铵膦毒性较低，活性较好，一般是被植物的茎叶所吸收才发挥作用；但是在喷洒到土壤表面时，草铵膦会迅速被土壤里的微生物分解，变成3-丙酸，2-乙酸以及二氧化碳，在土壤里的半衰期仅为4-10天，如果土壤里的水分氧气含量较高，这个时间会进一步缩短，并且草铵膦在土壤里淋不到地表以下15cm的地方。因此，草铵膦不会对玉米根部产生伤害。
草铵膦为膦酸类非选择性传导型除草剂，通过抑制谷氨酸合成酶这一植物的重要解毒酶作用，导致植物体内氮代谢紊乱，铵过量积累，叶绿体解体，从而使植物光合作用受抑制，最终导致杂草死亡，草甘膦是内吸传导灭生；草胺膦是半内吸或内吸很弱无传导的触杀灭生。
草铵膦为膦酸类除草剂，是谷氨酰胺合成抑制剂，以茎叶触杀作用为主，内吸性不强，木质部传导也很有限，无土壤活性，因此，正常用量下只能杀死杂草的地上部分，不能除根，很容易复发，持效期较短，价格与百草枯相比又偏高，农民很难接受。
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