生物肥使用因菌肥类型不同而异

生物肥料是一种含有大量有益微生物的肥料，其主要作用是通过这些微生物的生化作用来改善作物的营养和生长条件。有益微生物主要有根瘤菌(生物固氮)、解磷细菌(活化土壤中不溶性磷)、解钾细菌，也称硅酸盐细菌(分解释放土壤中的矿物钾)，以及抗生素细菌，如 5406 (能抑制或杀灭有害真菌和细菌，刺激作物生长，活化土壤中不溶性磷)和发酵细菌(促进有机物转化)。菌肥的实际肥效往往与维持微生物生命活动的基质有关。
生物肥料的质量要求
生物肥料作为一种农产品，在活菌数、杂菌率、有效期等方面都必须符合一定的质量要求。(NY227 mdash94)。除了农用微生物菌剂，还有以其为基础的复合微生物肥料和生物有机肥。复合微生物肥料是指由特定的农业微生物和营养物质复合而成，能够提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或品质的活微生物产品。根据NG/T 798 mdash；根据2004年的技术标准，液体、粉末、颗粒等不同剂型的产品中，总营养素(N+P2O5+K2O)的含量分别不得低于4%、6%、6%，但化肥的含量并不是越高越好，过高会抑制微生物活性；生物有机肥是指动植物废弃物经过无害化、腐殖化处理后，获得的特定农业微生物和有机物质的复合肥料。它具有微生物肥料和有机肥料的特性，根据NY884 mdash2004年技术标准，肥料有机质含量不得低于25%。
微生物肥料的选择
可作为基肥、追肥、沟施或穴施、拌种、浸根或叶面喷施，视菌肥种类而定。
(1)农用微生物菌剂:每亩用2公斤固体微生物菌剂和40-60公斤腐熟有机肥混合均匀后用作基肥、追肥或育苗；将固体菌剂与营养土混合均匀制成营养钵，或与稀泥混合，移栽前浸泡根部；播种前，将种子浸泡在10-20倍的菌剂稀释液中或喷洒稀释液，使种子在播种前与液体生物菌剂充分接触；移栽前，将根系浸入稀释10-20倍的液体菌剂中，并立即取出，或用稀释液喷洒幼苗根系；菌剂稀释100倍后用于灌根或灌溉；将微生物菌剂稀释500倍作为叶面肥。
(2)复合微生物肥料，可做基肥和追肥，施用量10-20k g；每亩；稀释500倍作为叶面肥，按产品说明书要求喷洒。
(3)生物有机肥，可做基肥和追肥。用作基肥时，每亩施用量约100公斤，*配以适量农家肥；追肥量要适当减少，比化肥早施7-10天，适量施化肥。
此外，当土壤氮、磷、钾养分含量较高或大量施用氮、磷、钾肥时，根瘤菌、解磷、解钾菌肥的作用降低甚至被抑制。例如，过量施用氮肥会抑制根瘤菌的活动，降低根瘤菌的固氮作用。另外需要注意的是，菌肥中的有益微生物是活的，所以在储存过程中不能与农药、化肥、过酸、碱等混合使用。不要与大量化学肥料或酸碱化学肥料混合使用；土壤过酸、过碱或干旱都会影响菌肥的效果。