食用菌栽培的方式多种多样。按培养料分，有段木栽培和代料栽培；按栽培方式分，有畦栽、床栽和箱栽；按培养场所分，有室内栽培、室外栽培等。段木栽培越来越少，原因是因为破坏林木资源。食用菌的代料栽培包括生料栽培、熟料栽培和发酵料栽培。生料栽培是指按照配方将培养料加水拌匀后直接用于食用菌栽培的方法；熟料栽培是指按照配方将培养料加水拌匀、装袋、灭菌后再接种栽培食用菌的方法；发酵料栽培是指将培养料加水拌匀后经发酵以杀灭有害杂菌和虫卵，并使培养料腐熟，然后用于食用菌栽培的方法。用于生料栽培的棉籽壳等材料必须新鲜，不结块、不霉变，气温在15℃以下。用于熟料和发酵料栽培的材料不必新鲜，高温、低温季节均可。平菇可用生料栽培；双孢蘑菇、鸡腿菇、巴西蘑菇、金顶侧耳等可用发酵料栽培；灵芝、香菇、金针菇等用熟料栽培。双孢蘑菇、巴西蘑菇等多用床栽，其他食用菌多用袋栽。