种子休眠的原因各不相同，但大致可分为三种类型。一、胚的后熟作物种子成熟过程中，胚及其周围的组织成熟的程度不一。即使种子已经脱落，有的胚还没有成熟。这类种子只能在胚发育完成之后才发芽。另外，也有的胚即使在形态上完善了，而在生理上却未成熟。只有当胚完成了后熟之后，种子才能从休眠状态过渡到萌发状态。二、硬实（种子透性不良）种子在成熟时变成了硬实，种皮不透水、不透气，因而不发芽。豆类特别是小粒豆类作物的种子比经较容易形成硬实，如绿豆、紫云英等。大粒豆类作物如大豆，在干燥、高温、氮素多的环境下种植，也常常产生硬实。变成硬实的种子，其脐部产生硬实结构，阻碍着水分的吸收，因而不能发芽。三、发芽的抑制物质种子休眠的重要原因之一是果实和种子中含有某种抑制发芽的物质，致使种子发不了芽。水稻种子的抑制物质存在于谷壳之中，小麦在种皮里。据分析，抑制小麦发芽的主要成分之一，是三羟基黄烷酮和五羟基黄烷。