果树根腐病发病原因主要是：
1、土壤带菌；
2、连茬苗木带菌；
3、过量施用化肥，使土壤板结、酸化发病；
4、过量灌水，使土壤透气性差而发病；
5、管理不当，干旱、缺少有机肥、环剥过重、结果过多，使树势衰弱而诱发病害。
根腐病发生时，一般只有地上部症状明显时才能发现，此时治疗为时已晚。地上部症状出现后，树体即丧失结果能力，如果不及时治疗将逐步衰弱死亡，挖后重栽则可能引起侵染甚至毁园。
过去防治根腐病主要侧重于药剂灌根，成本较高，有效期短，易于复发。经多年观察实验，改良土壤、生物防治是治愈果树根腐病的唯一有效途径。
具体方法：
（一）加强管理, 合理施肥改土。
施肥以基肥为主, 追肥为辅；以有机肥为主，无机肥为辅。另外，应深翻改土，提高土壤通透性，改果园清耕为生草种草，增加植被，清除枯枝落叶，减少病源基数，防止腐烂病危害削弱树势，诱发根腐病。对已发病的果园，应及时晾根、晒土、换土，隔离病源菌，防扩散传染。要注意合理修剪，控制结果量，防止早期落叶，增强树势，提高抗病能力。
（二）增施微生物有机肥料，促进树体根系生长。
微生物肥料除供应养分外，还可调节植物根系的微生态环境，使土壤环境不利于病原微生物生存，而利于有益微生物种群的大量繁殖，从而达到防治病害的目的。
在寒冷的冬季，使用生物菌肥不仅可以活化在土壤中被固定的营养元素，且有利于根系的生长。
但是不可盲目使用，应该根据不同的棚室土壤的环境情况来确定，否则很可能就会花了钱却得不到效果。
一是土壤湿度。
土壤含水量过大或不足都会影响生物菌肥的施用效果。因为生物菌肥内的生物菌大部分是好氧菌，它在土壤见干见湿时生命力才活跃。所以，施用生物菌肥后一定要注意合理浇水，最好选择晴天上午浇小水，这样不仅能提高地温，还能通过放风排湿。注意浇水后最好要进行划锄，以此来增加土壤通透性，利于生物菌发挥效果。
二是土壤温度。
据了解，生物菌肥中的生物菌一般在土壤18～25℃时生命活动最活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此耕种帮建议冬季大棚蔬菜施入菌肥后，要注意调控好地温。这就需要首先控制好棚内的气温，以气温促地温回升。一般棚内气温白天应保持在25～30℃为宜，夜间棚内温度低，为避免地温散失，维持地温恒定，除了采取地膜覆盖外，可在操作行内覆盖作物秸秆。
三是土壤酸碱度。
资料表明：土壤偏酸或偏碱都不利于生物菌的生长繁殖。土壤pH值在6.5～7.5之间时最适合生物菌的繁殖，菜农可根据自己土壤的情况进行改造，让土壤pH值达到6.5～7.5，保证生物菌大量繁殖。
另外，在施用生物菌肥后，还要注意增加土壤有机质，也就是增施有机肥。因为生物菌在土壤有机质丰富的前提下才能发挥出效果来。生物菌肥的作用是靠生物菌分解土壤中的有机物来实现的，如果土壤中的有机肥施用不足，那么它是分解不出养分来的。
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