1.土壤有机质极度缺乏，土壤理化性状恶化，不利于微生物繁衍
近年来，以畜禽粪肥为主的果园有机肥极度缺乏，以无机肥替代有机肥已成普遍现象，由此导致土壤团粒结构水平下降，保水、保肥能力极弱。在施用微生物肥过程中，存留的有机质被快速分解利用，微生物因为生存基质缺乏、生存环境恶化而失却了繁衍条件，导致一部分死亡，出现微生物肥施用效果日渐减退的现象。据调查，目前果园3年内没有深施有机肥的很多，坚持果园生草的不足10%，而以无机肥替代有机肥的却高达50%以上，采用碳铵加磷肥的果园也不在少数。
2.大量增施无机肥和喷施除草剂
大量增施无机肥和喷施除草剂使土壤基本条件不断恶化，不利于微生物繁衍和活动。多年连续施用无机肥，大量施用氮肥，使土壤板结，毛细管减少，不能大量保水，造成土壤存氧量减少，果树根系上浮，生长减慢，耐旱能力减弱，土壤pH值出现偏差，即使施用了微生物有机肥，也不能顺利实现菌群扩大和肥效发挥。特别是地面清耕和连续喷施除草剂，使地面的草大量死亡，加剧了土壤团粒结构恶化，土壤微生物活动能力减弱．也是微生物肥料表现效果不佳的主要原因。
3.单纯宣传和夸大微生物肥料的效果，使果农对微生物肥的认识出现偏差
随着农资市场的不断放开，许多厂家和经销商直接深入农村推销产品，无节制地夸大产品效果，不向果农说明微生物菌肥的规范施用方法，大部分果农文化程度偏低，对微生物肥的作用方式根本没有概念，盲目购买和施用。看到第1年效果明显（土壤有机质还能维系微生物繁衍需求），第2年后就单纯施用这一种肥料，势必出现越施效果越差的现象。
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