菌棒腐烂的防治应以预防为主，治疗为辅，并贯彻于整个栽培管理过程。一、选用优良品种，对退化品种进行提纯复壮。二、严格按照食用菌栽培技术规程进行栽培管理1.合理布局品种。依照当地的气候特点，选择适宜的品种。2.搞好栽培场地和环境的卫生，上年度废菌棒要及时清理；老菇场要喷洒杀菌杀虫剂，减少杂菌污染源，降低虫口密度。3.严格控制消毒药品的用量。目前市面上消毒药品含有的有效成份都是相同的，用量以每立方米3-4克为佳，切勿超过6克。4.接种口用蜡或胶带封口，杜绝虫、菌从接种口入侵菌棒。5.刺孔通气要规范操作，铁钉直径要小于2毫米，孔深1-1．5厘米，选晴天刺孔，不在瘤状物处刺孔。6.合理治虫防病。选用高效、无副作用、无毒、药效长的菇类专用杀虫剂"菇虫净"在第一次刺孔后喷洒一次，隔两个月后再喷一次，就能有效地防治虫害，切不可使用敌敌畏等不宜在食用菌上使用的杀虫剂。三、及时对烂棒进行治疗：发现菌棒腐烂现象后，要及时将烂棒拣出另行堆放，以免菌棒间交互感染，并进行下述治疗处理：1.用干净刀片切除腐烂部分，用克霉灵等杀菌剂擦洗病斑切口处和薄膜，然后将薄膜复回，用胶带封死，防止失水和虫、菌再次入侵。这一操作最好在无菌条件下完成。2.在发菌初期开始烂棒的，应果断进行再次菌棒消毒接种(重做)。