1、病虫害种类多、危害重、损失大　　由于中药材品种多，且一种药用植物常受到多种病虫的危害，因此病虫种类繁多。如人参栽培中，病害发生普遍而严重，已知人参有40余种侵染性病害，常发生的病虫害也有20余种。贝母的重要病害，产区一般损失在20％，严重者可达80％以上，有的农户因此放弃了贝母生产。　　2、缺乏完整的病虫害测报体系　　虽然有些药材产地已经配备了专职技术人员负责病虫害防治工作，但没有形成一个比较完整的测报体系，更没有先进技术在测报工作中应用，使测报成为防治工作的薄弱环节。不仅不能给病虫害防治提供可靠的技术资料，失去最佳防治时间，影响防治效果，而且增加了防治工作难度，加大了投资，造成了不必要的经济损失。　　3、药农滥用农药问题严重　　大多中药材产于老、少、穷地区，生产零星分散，农民自行管理、自主经营。由于生产者缺乏有关的技术知识，滥用、误用农药问题严重。防治药品一直沿用氧化乐果等剧毒有机磷农药，不仅严重污染环境，而且长期单一使用同一种类农药，致使病虫的抗药性增加，影响防治效果。另外施药机械也比较落后。此外还存在假农药坑农的问题。