设施栽培改变了土壤的生态环境，其温度、湿度、光照等都发生了很大的变化，土壤经常处于高温、高湿、高蒸发、无雨水淋溶的环境中，常常会出现以下问题：一是土壤板结。设施栽培管理精细，踏踩镇压频繁，土壤结构破坏严重，几乎所有设施栽培条件下的土壤都存在土壤板结问题。二是土壤次生盐渍化。在设施栽培条件下，由于蒸发量大，雨水淋溶作用少，耕层土壤盐分易于积累，常引起不同程度的次生盐渍化。三是土壤养分失衡。设施栽培条件下，种植作物多为蔬菜、花卉等经济作物，对某些特定元素如钾的需求量比较高，常会导致土壤速效钾和一些中微量元素消耗过度。四是土壤微生物区系失衡。设施栽培条件下，由于土壤次生盐渍化，作物自毒物质的积累，土壤中有益微生物总量减少，病原菌增加，作物病害严重，连作障碍频发。解决设施栽培中土壤问题的主要对策有：一是合理轮作。如通过经济作物-水稻轮作，基本可以消除土壤次生盐渍化，减轻土壤板结、防止作物连作障碍。二是增施有机肥料。有机肥料可以改善土壤结构，提供均衡养分，促进土壤微生物均衡发展，减轻土壤盐分积累。三是配肥基质替代。配肥基质是利用泥碳、蛭石和植物皮壳等作为载体配料，并在其中添加适宜配比营养元素的一种人造土。配肥基质代换量、持水性和耐肥能力比普通土壤高一倍有余，它的缓冲能力强，PH值也较稳定，能适应于多种植物生长。温室大棚土壤的连作障碍，可通过配肥基质替代表土的方法基本消除。