大豆正常生育需要一些微量元素，其中较为重要的有钼、硼、锌、锰等。钼是大豆根瘤固氮酶的组成成分，是固氮菌正常生命活动不可缺少的成分。硼在大豆生命活动中也很重要，缺棚大豆根系发育不好，根瘤着生不好，失去固氮能力。所以对于微量元素也必须注意。大豆所需微量元素能否从土中得到满足？决定于土壤中微量元素的丰缺和环境状态。例如低洼或排水不良的土壤，最易缺锰，在石灰性土壤上容易缺铁，PH低于6的酸性土壤容易缺钼。在微肥的施用上，最好还是在播种时以种衣剂的施用较好，比较经济。如果在苗期发现缺微量元素时，则应采用叶面喷洒(又叫根外追肥)，用0.1%钼酸溶液在大豆开花前喷洒，每667平方米喷施40-50千克液。