辣椒根系生长弱，再生能力差，在管理中一旦伤害根系，植株长势下降，产量降低。尤其是施肥，容易造成伤根，怎样施肥算合理，不伤害根系呢？基肥在定植前施用基肥时，一定要施用充分腐熟的有机肥，并且提前施入土壤，及时耕翻，整平造畦后灌水，待土壤见干见湿时松土，重新整地定植，避免有机肥在土壤中发酵产生热量烧根。追肥1、穴施或沟施追肥时，一定要离植株主茎10厘米以外，不要过近，以防伤根。2、随水冲施肥料时，一定要让肥料充分溶解，并且不要过量或田间积水，凡是积水处肥料容易过量而引起伤根。喷肥　　辣椒进入结果期以后，对钾元素的需求量明显增加，所以对钾元素的供应量要加大，在冲肥基础上对钾元素加强供应。并且注意叶面喷施补充，以防植株缺素与早衰。施用叶面肥好处较多，它吸收快，效果好，用量少等。　　生物菌肥由于辣椒连年种植，造成一些土传病害发生严重，引起烂根死棵现象，所以在定植前要穴施或沟施生物菌肥，这样可以利用以菌治菌形式控制病菌危害植株根部。同时在定植前用药剂蘸根（如密菌酯等），防治根部病害，效果良好。