番茄脐腐病应当采取以栽培措施为主的综合措施进行防治。包括：(1)选用抗病品种：如奇果、长春1号、L-402等品种较抗病。(2)适时浇水：必须保证水份的均衡供应。尤其是结果期更要注意水份的均衡供应，干旱地区定植后行间覆盖麦秸，可减少水份蒸发。田间浇水易在早晨或傍晚进行。在易发生脐腐病的地区，在果实膨大期的控水要适当。遇到干旱的年份，可提前结束控水。(3)改良土壤：应选择保水力强、土层深的地块种植番茄，增施有机肥，有利于土壤中钙的吸收。(4)加强栽培管理：在开花结果后，及时摘除枯死花蒂和病果，并适当整枝和疏叶，减少植株水份蒸腾，实时摘心，促进钙向果实转移。(5)合理施肥：以有机肥为主，结合整地施用过磷酸钙，避免氮肥过多，根外追肥，当头穗花结果后，喷洒加有百万分之五萘乙酸的0.5%氯化钙或绿芬威3号，10天左右一次，连喷3-5次。