一是为病原菌提供了有利的生存和繁殖条件。烟草很多的病原物都可以在土壤或烟株残余物中存活2-3年甚至更长时间，如烟草黑胫病、烟草花叶病、根结线虫病、青枯病、赤星病、角斑病和炭疽病等的发病率都与连作时间越长，病害越严重。二是连作降低土壤养分含量。研究表明，连作使土壤有效养分的比例发生较大的变化，特别是氮磷比、钾磷比、钾硫比、钙镁比等比值明显下降，引起土壤养分失调，肥料利用率明显降低。三是连作烟田土壤会使烟叶产量下降，质量变劣。由于连作导致烟叶中钙、镁、锰、硼的含量增加，钾和糖的含量下降，烟碱含量上升，糖碱比失调，香气质量变差。四是连作造成土壤中有毒物质的积累。烟草生长过程中的根系和叶片的分泌物以及残体腐解所产生的物质，对自身的生长有抑制作用，如有机酸、酚类、萜烯类等根系分泌物的累积，从而抑制作物的生长和发育。五是连作加大化肥、农药和劳动力的投入。连作病虫害严重，从而增加化学农药的投入；同时由于连作，有机质含量逐年减少，土壤养分严重失调，微量元素含量逐年降低。长期连作的土壤，须施用大量的肥料，烟草才能长起来，但产出的烟叶质量差。