微生物肥本身是一种辅助肥料，它不能代替其他肥料。根据微生物肥料对改善植物营养条件的不同可以分为以下几种。一根瘤菌肥料能在豆科植物根上形成根瘤，可同化空气中的氮气，改善豆科植物氮素营养，有花生、大豆、绿豆等根瘤菌剂。二固氮肥料能在土壤中和许多作物根际固定空气中的氮气，为作物提供氮素营养；又能分泌激素刺激作物生长，有自生固氮菌和联合固氮菌。三磷细菌肥料能把土壤中难溶性磷转化为作物可以利用的有效磷，改善作物磷营养。种类有磷细菌、解磷真菌、菌根菌等。四硅酸盐细菌肥料能对土壤中云母、长石等含钾的铝硅酸盐及磷灰石进行分解，释放钾、磷与其他灰分元素，改善植物的营养条件。有硅酸盐细菌、解钾微生物等。五复合菌肥料含有上述两种以上互不颉顽的有益生物，能提高作物一种或两种营养元素的供应水平，并含有生理活性物质。