随着设施蔬菜生产的发展，设施内连年种植同种或同科的蔬菜作物，而且种植方法和种植模式固定，这样经过3-5年的连续种植，设施内就会出现土传病虫生物的积累、土壤理化性状劣变，以及植物根系分泌的自毒物质积累，同时大量施用肥料伴随有土壤盐渍化、土壤养分失衡等，从而导致蔬菜生育障碍和土传病虫害的大量发生，造成蔬菜连作障碍。比如连续种植番茄3年以后就会出现了根结线虫病，而且极难控制。连作障碍的出现，导致蔬菜作物生长衰弱、产量下降、品质低劣，从而使设施蔬菜生产效益不佳。解决以上问题，一是可以通过合理使用有机肥或土壤结构改良剂来改良土壤，二是通过除盐和合理施肥来缓解土壤理化性状的劣变，三是通过使用活性炭吸附法和微生物分解法除去根际自毒物质，四是可以通过嫁接法或者采用抗性强的品种提高自身的抗性来克服连作障碍问题，五是采用无土栽培来解决，是目前最有效的方法。