随着当前菜农对大棚土壤养护意识的不断提高，具有“三效合一”效果的复合微生物肥料越来越受菜农的青睐，因复合微生物肥料是含有益微生物菌、无机营养元素及有机质，充分体现了微生物肥料、无机化学肥料和有机肥料的综合效果，因此菜农在施用时就需要综合考虑这三类肥料的施用技术，并注意以下两点，以发挥它的最大肥效。
做底肥 要考虑土壤湿度
底肥对作物生长发育尤其是生长前期及中期至关重要，所以蔬菜定植前菜农都会施足底肥，但不同的复合微生物肥料中氮磷钾的含量差别很大，若菜农购买的复合微生物肥料中氮磷钾的含量较高，可单独施用而不需要再施用其他化学肥料；若其氮磷钾含量较低，则需要再补充部分复合肥料（根据菜农棚内土壤的肥力情况而定），以保证植株生长发育所需。在底施复合微生物肥料前，菜农要注意需要让土壤保持一定的湿度，以见干见湿的土壤湿度最好，这是因为复合微生物肥料中含有多种有益菌，见干见湿的土壤有利于微生物菌的存活。另外，施用底肥的过程中需要复合微生物肥料与有机肥配合施用，足量的有机肥利于有益菌的快速增殖。
做追肥 宜小水冲施
追肥主要是补充植株生长旺盛期（如大量结果期）对养分的需求，通常复合微生物肥料作追肥施用一般都是随水冲施，一来其中的无机养分可以及时补充中后期植株生长的需求，另一方面其中的有益微生物可以活化土壤，促进根系的生长发育，预防早衰。需要提醒菜农朋友注意的是，冲施复合微生物肥料时要浇小水，使无机养分进入土壤后不易被流失和固定， 也防止土壤含水量过大影响微生物菌的呼吸，降低其存活数量，不利于肥效的发挥。
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