病理性病害（又称真菌性病害）由病菌侵害而引起的病害称为病理性病害，如青霉、绿霉、蒂腐、黑腐、炭疽等常见的贮藏病害。这些病害的病原菌都是真菌，所以又叫真菌性病害。（1）青、绿霉病青、绿霉病是柑橘果实贮藏中发生最多且为害最大的两种病害，由青霉菌和绿霉菌从果实伤口侵入引起。两种病害的发病过程和症状相似。发病初期，果皮表面变软，出现水渍状病斑，用手指轻轻一按，病斑即破，随着病斑的扩展，病部长出白色菌丝，然后出现青色或灰绿色的霉层。从开始发病到全果腐烂只需1～2周。控制青、绿霉病的根本措施是减少果实受伤和采果后及时进行杀菌剂处理。（2）蒂腐病蒂腐病又名穿心烂，是柑橘果实贮藏中、后期的主要病害，尤其是在多雨、潮湿的产区或年份发生更多。病菌从田间带入库房，当果蒂受伤或干枯后，病菌即从果蒂入侵，并沿果心向下发展，直至整个果心全部腐烂，此时若用手指挤压果实两端，就会流出汁液。如将果实剖开，可见果心产生团籽。控制蒂腐病的主要措施是果实采收后应及时用药剂处理，保持果蒂新鲜，增强抵抗力，同时开春后及时取出干蒂果。（3）黑腐病黑腐病是宽皮柑橘贮藏中的主要病害。果实在田间带菌，在贮藏期病菌从果蒂侵入，也有从侧部伤口入侵。发病在果实内部开始，并逐步向果面发展，当果皮出现黑褐色病斑时，若将果实剖开，瓤瓣已变黑色。此病有采收愈迟，发病愈重的趋势。该病的防治措施与蒂腐病相同。（4）炭疽病炭疽病也是柑橘贮藏中、后期的主要病害，发病多数从蒂缘开始，病斑为黄褐色。在干燥环境下，病斑发展缓慢，仅限于果面，不侵害果肉；但在潮湿环境中，病斑发展迅速，并侵害果肉，病果有烂味或酒味，在气温高时，病斑上会产生粉红色黏状物。炭疽病菌主要寄生在枯枝、病枝上。因此，冬季清园，剪去枯枝、病枝，集中烧毁，是控制炭疽病的重要措施。