土传病害的防治应该以农业防治、生物防治和化学防治相结合的综合防治途径，任何一项措施所考虑的核心问题应该是土壤中病原菌和有益生物的平衡。农业防治包括倒茬、应用抗病品种，增施充分腐熟的有机肥，使用甲壳素、腐植酸（如冲动系列）等有利于土壤有益微生物的产品。　　化学防治。早期使用氯化苦、溴甲烷作为熏蒸剂，除对土壤肥力有影响外，同时干扰了土壤微生物的平衡，一旦平衡受到破坏，土壤中很有可能诱发更有害的微生物，没有有益生物的存在，就可能导致病害越来越严重。D-D乳剂，福尔马林、棉隆等土壤消毒剂的使用同样存在这些问题。多菌灵、甲基托布津等因为在土壤中易被吸附而降低药效。近年来随着科技的发展，生物防治土传病害的方式越来越多的被利用，荧光假单胞杆菌（土康元、荧保素）、枯草芽孢杆菌、胶冻样类芽孢杆菌（如施利康）等产品在根部病害的防治上已经广泛应用，有益菌、甲壳素以及有机肥的使用在有利于植物营养和抗病性上起到了良好的作用。同时生物防治土传病害，可以有效地清除土壤垃圾，促进土壤中有益生物的繁殖，疏松活化土壤，使土壤恢复活力的同时，有益菌大量繁殖，对枯萎病菌、根腐病菌等土传病害有良好的抑制作用。　　荧光假单胞杆菌、枯草芽孢杆菌、胶冻样芽孢杆菌等产品，具有防病和菌肥的双重作用，通过与有害菌的竞争作用，占领有害菌的生存位置，同时在植物根系表面形成保护层使植物免受病害的侵染。其还能有效的分解土壤中残留的肥料、过剩的氮磷钾和残留的有机农药，调节土壤酸碱度，疏松土壤，改良土壤，有效预防土传性病害的发生。