1、严防药害
杀菌剂药害的产生有多种原因，一般水溶性较强的药剂容易发生药害。另外，不同作物对药剂的敏感性不同，例如波尔多液一般不会造成药害，但对铜敏感的作物却可能产生药害；豆类、马铃薯、棉花对石硫合剂敏感，药害的几率较高。
提醒：药害产生与气象条件如气温、日照等有一定关系，一般高温干旱、日照强烈或雾重、高湿等条件下用药极易引起作物药害。
合理配制浓度杀菌剂喷雾施用时，需要稀释成适当的浓度，浓度过高就极易造成药害，但浓度过低，则达不到用药防治病害的效果。
提醒：不同的杀菌剂其有效浓度有特殊要求，配制时一定要严格按照说明书操作，不可随意加大或缩小。
2、药物混用须谨慎
不少杀菌剂为碱性农药，故不能与遇碱性物质易分解失效的杀虫剂混用。如波尔多液、石硫合剂等呈碱性，不能和1605、乐果、敌敌畏等混合使用，否则会发生中和反应而失效。
当然，也不是所有的杀菌剂都不能与其他农药混用，有少数杀菌剂与农药混合后还能起到增效的作用。例如，乐果与酸性杀菌性如代森锌或可湿性硫黄或胶体硫等混用。
3、选准喷施时间
喷药时间过早不仅造成浪费，而且会降低防治效果；喷药时间过迟，则因大量病原体已经侵入寄主或造成危害而事倍功半。因此，施用杀菌剂时应根据作物不同病害的发生规律、预测预报以及具体发生情况及时用药。通常杀菌剂的喷施时间应掌握在发病前（保护用药）或发病初期（防患于未然）为最佳。
4、掌握用药次数
杀菌剂的喷药次数主要是根据药剂残效期的长短和气象条件来确定。一般每隔10～15天喷一次，共喷2～3次。遇特殊情况，如施药后遇雨，应及时补喷一次。
5、提高用药质量
杀菌剂的喷施质量包括用药数量和喷施质量。既不要因为用药过多增大成本、造成药害，又不要因为用药过少而无法达到用药目的。喷药时要求雾点细密、均匀，要喷遍植株茎干和叶片正反面，力求做到不漏喷。
6、注意规避抗药性
长期施用单一的杀菌剂（主要是内吸杀菌剂），会导致病原体产生抗药性，即使多次重复用药也无济于事。
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