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杂交水稻不是转基因的。转基因食品，是指除自然交配和自然重组外，其遗传物质已被改造的作物。虽然杂交水稻是人工培育的，但仍然是通过自然育种机制完成的，甚至不涉及水平基因转移，因此不是转基因。
杂交水稻是指选择两个具有一定遗传差异且性状互补的水稻品种，生产出具有杂种优势的第一代杂交种用于生产，称为杂交水稻。杂种优势是生物学中常见的现象，利用杂种优势提高作物产量和品质是现代农业科学的主要成就之一。随着杂交水稻的应用和推广，单位面积产量增加，种子消耗减少，杂交水稻直播栽培技术是一种简化的栽培方法，省去了传统的水稻育秧过程，将浸泡发芽后的水稻种子直接播种到田间，进行管理，使其长成秧苗，直至分蘖至成熟。
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