小麦种子药剂处理是预防和控制土传、种传病害和地下害虫以及苗期病虫害发生危害的关键措施。
预防土传种传病害可选用
戊唑醇、
苯醚甲环唑、
咯菌腈、硅噻菌胺、多粘芽孢杆菌、大黄素甲醚、木霉菌等种衣剂进行包衣或拌种，防治纹枯病、根腐病、全蚀病、茎基腐病等，兼治苗期锈病、白粉病以及黑穗病等，其中，多粘芽孢杆菌也能增强植株抗赤霉病的能力。
预防地下害虫可选用
吡虫啉、
噻虫嗪、丁硫克百威、金龟子绿僵菌CQMa421等拌种或包衣，防治金针虫、蛴螬、蝼蛄等地下害虫，兼治孢囊线虫、苗期蚜虫等。
多种病虫混合发生区可根据当地病虫发生特点，选用相应的
杀菌剂、
杀虫剂复配进行包衣或拌种，复配时有效成分应与单剂剂量大致相同。也可直接选用复配制剂如戊唑·吡虫啉、苯醚·咯·噻虫、烯肟·苯·噻虫等拌种或包衣。绿色防控药剂可选用多粘芽孢杆菌、大黄素甲醚、木霉菌、金龟子绿僵菌等微生物
农药拌种。
各地在选用适宜本区域的药剂拌种时，宜添加多粘芽孢杆菌或赤·吲乙·芸苔或
芸苔素内酯或大丽轮枝孢激活蛋白等植物诱抗剂（或植物生长调节剂）一起拌种或包衣，以增强小麦抗（耐）病、抗逆能力。
在秋播结束小麦出苗后，各地要开展系统监测和大面积普查，一旦发现小麦条锈病或白粉病发病中心，应立即进行药剂防治，采取“发现一点，控制一片”的防控措施，药剂可选用
三唑酮、氟环唑等喷雾防治，控制病害扩展蔓延，减少越冬菌源，控制次年春季小麦病害发生流行。
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