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菠菜心腐病病原菌为不完全菌亚门真菌甜菜茎点霉，在温度23℃—27℃、湿度85%以上时发病较快，需采取综合方法进行防治。
农业防治。选择排灌方便的壤土种植，施用充分腐熟的有机肥。加强栽培管理，适时浇水、施肥。选用无病种子，播种前用52℃温水浸种30分钟，或用种子重量0.3%的50%可湿性粉剂扑海因拌种。
化学防治。发病初期可选用96%恶霉灵粉剂3000倍液、70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液、25%嘧菌脂悬浮剂2000倍液、50%扑海因可湿性粉剂1500倍液、10%苯醚甲环唑可分散粒剂2000倍液等药剂进行喷雾，5—7天喷1次，连喷2—3次。
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