木瓜在生长发育过程中对水分需求很大。雨量充沛,降雨均匀的环境更适合木瓜生长。在广州地区,每年4月至9月雨季,阳光充足,温度高,这个时期的木瓜生长迅速,果实发育亦较快。10月以后降雨减少,木瓜生长速度亦缓慢。木瓜对土壤湿度反应很敏感。在栽培中,土壤含水量是否适中直接影响木瓜的生长。在降雨较少的地区栽培木瓜,或者在高温干旱季节,要采用覆盖措施,保持土壤一定的含水量。
木瓜园中土壤表面有覆盖时,其土温降低,土壤含水量提高,保持土壤一定湿度。没有覆盖的土壤,土温偏高,含水量较少,对木瓜生长不利。在木瓜生长阶段中,幼苗对土壤含水量特别敏感,要求充足的水分。育苗过程中如缺少水分,叶片呈卷缩缺水状。如果在开花结果盛期缺少水分,则影响生长,出现落花、落果或偏向趋雄为主的现象。虽然木瓜对水分需求较大,由于根系浅生和好氧性,所以又怕土壤积水和地下水位过高;若果园畦地出现积水,时间过长则影响木瓜生长,严重时会烂根而死亡。1977年8月上中旬,连续4天降雨,总降水量在80毫米左右,木瓜园受浸,排水后畦面仍见积水。大雨后10天即8月20日调查木瓜生长情况,二年生木瓜叶片变黄、落叶,在6天之内每株落叶10~12片,观察根部,表面的幼少须根已变成褐色腐烂,部分植株死亡。在1962年5月的季节,连续下雨一个月,部分畦面出现水浸长达6小时才排水降低水位。结果30%植株烂根死亡。可见木瓜既喜欢充足水分,但土壤水分亦不能过多,更不能导致果园畦地积浸水,只要保持土壤湿润。